Bir çok sebebi olabilir ama genel olarak PHP üzerinden mail gönderirken içeriğiniz ne şekilde? Gönderi içerisinde resim kullanıyor musunuz? Evetse resimleri kaldırın, varsa bold ve italik gibi stillemeleri kaldırın, kullanıyorsanız ekstra CSS satırlarınızı silin. Kısaca düz metin olarak göndermeyi deneyin, hala spama düşüyorsa en azından mail içeriğinizden kaynaklı bir durum olması ihtimalini elersiniz.
Nasıl bir kod yapısına sahipsiniz bunları da paylaşırsanız yardımcı olmaya çalışalım.