Öncelikle elinizdeki veri tabanını çıktısını bir excell e aktarın.
ID sutununu sıralama sistemi ile 1 den başlayarak excell ile numaralandırın.
Sonra tüm sutunları CTRL+A ile kopyalayın ve txt ye yeniden aktarın....

txt yi veritabanına upload ettikten sonra tablonun yapısal ayarlarından
id alanını A_I işaretleyin sorun çözülecektir.

Muhtemelen eldeki veritabanında id numaraları olmadığı için bunların numaralandırarak vtye atmadığınızdan auto işlemiyor.