En güvenilir ve sağlıklı yontem ilgili PHP dosyasını public_html dizini dışında tutmaktır. (Bir üst dizinde) Bu şekilde web üzerinden gelen kullanıcılar bu dosyaya istekte bulunamazlar. (siteismi.com -> /public_html/index.php ye karşılık geldiği ve gelen ziyaretçinin üst dizine erişme ihtimali olmadığı için). Cronjob ta php komutuna /home/user/.../dosyaismi.php şeklinde parametre vererek istediğiniz dosyayı çalıştırabilirsiniz.

Daha açıklayıcı olması açısından; mesela Cpanelden sitenizin yedeğini aldığınızda .tar.gz uzantılı dosyayı /home/user/ dizinine oluşturur. Eğer public_html e oluştursaydı, Google sitenizi tararken bu dosyayı ya indexler ve bir ziyaretçi gelip yedeğinizi indirebilirdi.