wp_nav_menuçıktısı ile html olarak hazırladığınız kod farklıdır. Eğer functions.php'de karşılık olarak bir menü tanımlaması yapmadıysanız önünüzde iki yol var.
1. Wordpress'in mevcut menü çıktısını kullanarak tasarımınızı yedirmek (css işi)
2. Wordpress'in menü yapısına müdahale edip istediğiniz düzende çıktı almaya çalışmak (php)