Merhaba,
jQuery kullanarak çok kolay ve temel bir şekilde istediğiniz işlemi gerçekleştirebilirsiniz.

Sisteminizde jQuery olduğunu kabul ederek aşağıdaki kodu yazıyorum, gerekli yerleri düzenleyerek sisteminize uydurabilirsiniz.

var commisionPrice = 3; // Komisyon miktarını burada js içinde tanımlamanız işinizi kolaylaştıracaktır.
$("#txtAmount").change(function() { // txtAmount miktar girdiğiniz inputun idsi olacak. Change eventini inputun içindeki değer değiştiğinde işlem yapmak için tanımlıyoruz.
   if($(this).val() != "") { // Miktar inputunun değerinin boş olması durumunda hesaplamaları yaptıracağız.
      var amount = parseFloat($(this).val()); // Inputun değerini sayı tipine çevirmezsek hesaplamalarda sıkıntı yaşayabiliriz.
      var newAmount = amount - commisionPrice;
      $("#lblTotal").val(newAmount); // lblTotal toplam değerinin gösterileceği kutunun idsi olacak.
      $("#lblAmount").val(amount) // lblAmount çekmek istediğiniz miktar değerinin gösterileceği kutunun idsi olacak.
   }
});

js kodunu body tagının en sonuna bir script tagı içine koyabilir veya headda kullanmak isterseniz document.ready fonksyonu içerisinde kullabilirsiniz.

$(document).ready(function() {
   //...
});