Anladım. Ben de yaşadığınız bu zorluğu düşünerek yazdım ve aceba ben mi hata yapıyorum diye düşünmeye başlamıştım.
Sizlerde de durum aynı ise, en azından hatalı bir şey yapmadığımı anlamış oldum. (Yani biriniz "benim reddettiğim linkler bu sayfada görünmüyor ve ortadan kalkıyor" deseydi, bir yerlerde yanlış yaptığıma emin olacaktım.)

Domain reddetmeyi de dediğiniz gibi yapıyorum, sıkıntı yok. Zaten başarılı bir dönüş yapıyor ama inat ile linklerin kaybolmaması çok can sıkıcı ve backlinlerin yönetimini zorlaştıran bir durum.

Bu konu ile ilgili Google Webmaster forumuna da bir öneri olarak konu açmayı düşünüyorum.
Teşekkürler cevap için.