Mysql server yeşil gözüken satırdan bahsediyorsanız, mysql serveriniz kasıyor.

İşletim sistemi kullanılan panel nedir ? my.cnf optimizasyonu yapıldımı sunucunuza ?

Vdsiniz düzgün optimize edildiyse yazılımınızı optimize ettirmeniz/etmeniz lazım çok fazla mysql sorgusu olabilir...