Bunları geçenler var.

Şu sistemi sana tavsiye edebilirim.
Plesk panelde nginx var zaten. Aynı zamanda plesk panelin yüksek düzeylere yakında kendi güvenlik mekanizmaları var.
Belirttiğim dosyalara ve diğerlerine 711 izni ver.
disable_functions a bu kodları ekle;

disable_functions = ln –s, exec, dl, passthru, shell_exec, system, eval, popen, fsockopen, proc_open, proc_get_status, proc_nice, proc_terminate, show_source, stream_socket_server, symlink, link, lchgrp, lchown, chown, chgrp, posix_initgroups, posix_kill, posix_mkfifo, posix_mknod, and posix_setegid, posix_seteuid, posix_setgid, posix_setpgid, posix_setsid, posix_setuid, phpmail, chmod, phpinfo

Diğer bir kaç yöntem daha var onuda araştırırsan bulacağına eminim.