Kullanıcıya verdiğin bir ayar kısmında kaydetme vs. işlemi
ile 30 günlük bir cookie oluşturursun.
Fikrini değiştirirsede gene aynı kodu çalıştırırsın güncellenir değer
Buradaki $value sadece 1 veya 0 değeri alacak tabiki
setcookie("oto_oynat", $value, time() + 3600*24*30);

Cookie işini hallettikten sonra header kısmına şöyle bir değer koyarsın

if(isset($_COOKIE["oto_oynat"])){
    $oto_oynat = $_COOKIE["oto_oynat"];
}else{
    setcookie("oto_oynat", 1, time() + 3600*24*30);
    $oto_oynat = $_COOKIE["oto_oynat"];
}

Bu saatten sonrada kalan tek şey youtube embed kodunu koyduğun her yerin sonuna şunu ekle

...&autoplay=$oto_oynat

Sonrasında $oto_oynat ne ise sürekli kullanıcı tercihine göre sitenin her yerinde otomatik oynatma vs. işlemleri devam eder.
Tabi cookie ler üstünde oynanabilir ama çokta sıkıntı değil mantığı anlatmak için böyle yaptım istersen kontrol veya daha pratik bir yol vs. de geliştirebilirsin.