@buddy; pagination linklerine rel="nofollow" şeklinde tanımlama yaparsanız index almaz yapmazsanız site haritanızda yada google console'da var ise elbetteki alır, ayrıca artık bu şekilde kullanılmıyor diye de bir şey yok. Tüm linklerinizi htaccess ile yapabilirsiniz evet yada framework MVC kullanabilirsiniz.