Hocam otomatik yönlendirme yapmıyor siteniz. Yani ben http://www.isakoc.com yapinca tekrar ssl'e dönüşmüyor. Tabi ki google zamanla bunlardan ssl olanları indexlemiştir. Fakat gene zaman içerisinde duplicate content oluştu mu bilemiyorum. "Yeni web master tools"tan kontrol ediniz. Tabi google web master tools kullanıyorsanız.

Eğer ki web master tools kullanıyorsanız yine şöyle bir durum söz konusu siz daha önce http olarak eklediğiniz siteyi https'ye dönüştürdüyseniz google bunu siteyi yönlendirme olarak algılar(adeta yeni site eklemek gibi) ve web master toolstan http şeklinde tanımladığınız siteyi https'li olarak eklemenizi bekler.

Aynı zamanda ssl geçişlerinde içerisinde verdiğiniz bağlantılar ssl'e geçmiyorsa veya bir yerlerden aldığınız backlinler http olarak başlıyorsa ve botlar bunu taradığında https'ye dönüşmüyorsa gene backlink gücünüzü kaybetmiş olabilirsiniz.

Agresif değişiklikler(tekrar http'ye dönüş) yapmadan bir uzman arkadaştan destek almanızı öneririm.