Hocam belki fayda sağlar:

<?php
$url = $_SERVER['REQUEST_URI'];
if (strpos($url,'comments') !== false) {
echo <link rel="canonical" href="" />' . "n";
}
?>

üstte ki kodu daha da modifiye edilip temanın index.php sayfasında head kısma eklenebilir.
Yanlız href kısmını boş bıraktım. Gene comment geçen ifadelerde belli bir düzen varsa ona göre comment kısmını silip ekleyebilirsiniz. Veya wp de başka şekilde href kısmı eklenebiliyorsa bilemiyorum. Fikir versin. Belki bir ışık yakar hocam. Saygılar.