Hocam site haritası hatalarını kontrol ettiniz mi? Hataları varsa düzeltip, tekrar göndermekte fayda var, All In One SEO Pack eklentisi güncellemelerinde index alması için gerekli ayarlar değişmiş olabilir, ayrıca Better Search Replace eklentisi ile http - https linkleri toplu değişimi yaptıktan sonra sitede aktif olması durumu bana mantıklı gelmiyor, tabi sürekli link değişimi yapmıyorsanız.