https://codex.wordpress.org/Database_Description
Burada bir Wordpress veritabanının yapısı anlatılıyor. Tablolar ve ne işe yaradığı. Buna göre 2 veritabanını birbirinden ayırabilirsin. Sadece birkaç SQL sorgusu bilsen yeter. Onu da 15-20 dakikada öğrenirsin. Buradan: https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/sql-syntax.html
Bana göre bu kadar. Ayırdıktan sonra Wordpress veritabanını optimize ettiğini iddia eden birçok eklenti var. Birini kurup çalıştırırsın.
NOT: Bu verdiğim linklere girip okursan birkaç saatte işi çözersin tahminen. Öğrenmen gereken fazla birşey yok çünkü.