Aslında boyut olarak küçük gelebilir size anca yük olarak büyük. Her mesaj veritabanında bir satır demek. Satır sayısı arttıkça sorgunun gerçekleşme süresi artıyor ve mysql'i kitleyebiliyor. Bununda bana kalırsa tek çözümü real time chat,mongodb ve angularjs ile çözülüp güzel bir sistem yazılaiblir.