Geçersiz olan url'leri silebilmek için chrome 'a yazıp enter tıkladığınızda herhangi bir içerik gelmemesi gerekiyor.
O sayfalardaki içeriği siliniz. Eğer scriptiniz içerik olmamasına rağmen o sayfada içerik gösteriyorsa 404 sayfası oluşturunuz. Eğer boş klasör basıyorsa htaccess ve robots.txt ile engel olunuz. Tüm sayfaların temiz olduğunu anladıktan sonra Google webmaster tools'da url kaldırma aracı var. O kısımdan tek tek hepsini silebilirsin.
Kolay gelsin.