mod_rewrite modülü, mod_dir modülünden önce çalışır. DirectoryIndex yeniden yazma kurallarını çalıştırıldıktan sonra index.html ve diğer tanımlamaları tetikler.
Aşağıdaki kod sanırım işinizi görür.

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index.html$
# yönlenmesini istemediğiniz ne varsa bu kalıba uygun ekleyebilirsiniz.
RewriteRule ^(.*)$ http://www.yenisite.com/$1 [L,R=301]