Kullandığınız sistem nedir? root erişiminiz mevcut ise aşağıdaki şekilde putty üzerinden işlem yapınız. (Sorumluluk size aittir)

mysqld --skip-grant-tables
mysql -u root mysql
UPDATE user SET Password=PASSWORD('YENİ ŞİFRE') where USER='root';
FLUSH PRIVILEGES;
exit

service mysql restart
veya
/etc/init.d/mysql restart

Not : Bu işlemden sonra mysql root şifreniz yukarıda belirttiğiniz şekilde değişir. Kullandığınız sistemi bilmiyorum ancak freebsd üzerinde bu şekilde ilgili sorun çözülüyor.