iç link derken sitenin kendi içerisinde kategori linkleri vs. diyorsanız hayır nofollow olmaz.

dış linkleri ( varsa ) nofollow yapabilirsiniz fakat böyle düşüşlerde belirttiğiniz gibi bir anda linkleri filan nofollow yapıp yada köklü değişiklikler yapıp tamamen bataklığa gidebilirsiniz.

Sorunu başka yerde arayın bence.