Bir ara benzeri bir şeyi, mysql'den replace ile update ediyordum.
Siz de "<p></p>" geçen yerleri '' ile değişirebilirsiniz.
Aşağıda kodu vereyim ama biraz araştırın. Her seferinde önce hangisi yazılıyordu, sonra hangisi yazılıyordu diye karıştırıyordum.

  UPDATE wp_posts set post_content = REPLACE(post_content, '', '<p></p>')
WHERE post_content LIKE '%<p></p>%'
and post_type = 'post'
and post_status = 'publish'