$text = "Bu bir cümledir.(Resim 1) Bu ikinci cümledir.(Resim 2)";
$yenitext = preg_replace_callback("/\(Resim ([0-9]+)\)/", function ($m){
    return '<a href="#" onclick="$(\'.popup-gallery\').magnificPopup(\'open\', ' . ($m[1] - 1) . ');">' . $m[0] . '</a>';
}, $text);
print_r($yenitext);