mysql'de farklı tablolardan veri çekince bende öyle bir sıkıntı yaşamıştım, hatta host şirketi sunucumuzun temp klasörü şişiyor diye siteyi kapatmıştı, düz mysql kullanıyorsanız, mysql_unbuffered_query veya bu olayıın mysqli için ve pdo olan için olanlarını araştırabilirsiniz.