Aynı yöntemi bende bir çok kez uyguladım hiç sıkıntı olmuyor.
Hatta bir sitemin 100 küsür indeksi vardı.
SSL kurdum http / https arasında sıkıntı yaşanmasın diye siteyi komple silip robots.txt içinde engelleme koydum.
Yetmedi wm tools tan url kaldır dedim sonrada wm tools u tüm indeksler kalkınca siteyi silip tekrar açtım.
Sonuçta 2 gün içinde gene sıfır site gibi index almaya başladı.