Sorunu hallettim teşekkür ederim. Aynı sorunu yaşayan arkadaşlar olursa paylaşayım. Subdomain klasörüne ayrı .htaccess dosyası oluşturun ve içini şunun ile doldurun;

RewriteCond %{HTTPS} off
RewriteCond %{ENV:IS_HTTP} !1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^[^.]+\.[^.]+$
RewriteRule ^(.*)$ https://www.%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R,L=301]

Doğru yöntem böyle mi bilmiyorum ancak ben bu şekilde yapınca sorun ortadan kalktı.