Doğru mu anladım bilmiyorum ama bir kişiye birden çok ilçede yetki vermek istiyorsun sanırım. Bence bunun en kolay yolu, yetkilendirmeler için ayrı bir tablo oluşturup, orada kisiID ve ilceAdi gibi iki sütunda sıralama yapmak. Ardından da okuma esnasında o kişiyle ilişkili tüm ilçeleri listeleyebilirsin. Ben buna benzer bir kodu kullanıyorum, ne kadar doğru yanlış bilmiyorum ama bende işe yarıyor.

  $islemUserID = $_POST['kisiID']; // bu değeri hidden olarak çekebilirsiniz
  $islemOnay = "1";
  if ( isset($_POST['ilceAdi']) ) { // herhangi bir ilçe seçilmiş mi diye bakalım
    $delete = $db->exec("DELETE FROM ilceYetkiler WHERE kisiID='{$islemUserID}'"); // aynı satır tekrar oluşmasın diye önce bu kişiye ait kayıtları silelim.
    $array = $_POST['ilceAdi']; 
    foreach ($array as $yenideger) { // şimdi checkbox da işaretlenmiş her ilçe için yeni bir satır oluşturalım.
      $ilceYetki = $db->prepare("INSERT INTO ilceYetkiler SET
        ilceAdi = :yeni_ilceAdi,
        kisiID = :yeni_kisiID,
        onay = :yeni_onay
      ");
      $ilceYetki->execute(array(
           "yeni_ilceAdi" => $yenideger,
           "yeni_kisiID" => $islemUserID,
           "yeni_onay" => $islemOnay
      ));
    }
    if($ilceYetki->rowCount()){
      echo 'İşlem tamam';
    }
  } else {
    echo 'En az bir ilçe seçmelisin';
  }