Uzun bir aradan sonra herkese Merhaba,
Öncelikle Python 3 kullandığımı belirteyim.
İki adet CSV dosyam var, birine CSV1 diğerine CSV2 diyelim.
CSV1 dosyasındaki "Total Price", "Reference No", "Processing fee", "Currency" sütunlarına bakıp, CSV2 dekilerle eşleşmemesi durumunda unmatched.csv dosyasına basmam gerekiyor.
Aşağıdaki snippetta görüldüğü gibi eşleşenleri bulabiliyorum.

tmatchedCSV = '{0}_MATCHED_{1}.csv'.format(id,endDate)
matched = pd.merge(csv1, csv2, on=['Reference No','Total Price', 'Processing fee',  'Currency'], how='inner')
matched_csv = matched.to_csv(matchedCSV, encoding='utf-8') except IOError as matchedissue:

Fakat eşleşmeyenleri bulmak için ne yapmam gerekiyor tam olarak çözemedim.
Stackoverflowda "isin" fonksiyonu ile tek sütun üzerinden nasıl ilerleyebileceğimi buldum fakat eşleşenlerde olduğu gibi eşleşmeyenleride farklı sütunlara bakarak bulmam gerekiyor.

 unmatchedCSV = '{0}_UNMATCHED_{1}.csv'.format(id,endDate)
merged = pd.merge(csv1, csv2, on=['Total Price', 'Currency', 'Reference No'], how='inner')
unmatched = csv1[~csv1['Reference No'].isin(merged['Reference No'])]  
print(finalunMatched) unmatched.to_csv(unmatchedCSV, encoding='utf-8')

Son çare olarak isin ile ayrı ayrı her sütuna bakıp, oluşan veriyi merge edip output dosyası oluşturacağım, önerilerinizi rica ederim.