Panel üzerinden nasıl yaparsın bilmiyorum ama /etc/apache2/sites-available klasöründe dosyalar olacak .conf uzantılı, ssl configürasyonu olanı bulup oraya
ServerName "kendidomainin.com"
satırını eklemelisin. Sunucu ssl ile çalışacak sitenin hangi domainde olduğunu bilemiyor şu an.