Genelde php dosyaları uzaktan pek çektirilmezler zaten bot vb. birşey yapılmıyorsa. JS ve CSS dosyalarını kendiniz sunucunuza indirip barındırabilir ve istediğiniz yerlerini düzenleyebilirsiniz bir problem olmaz. Fakat JS'e güncelleme gelirse sıkıntı olabilir, sürekli yeniden almanız gerekiyor. Örneğin Google Plus'ın platform.js dosyası gibi...