SSH üzerinden
nano /etc/my.cnf
Dosyasını düzenliyerek

[mysqld]
default-storage-engine=MyISAM
innodb_file_per_table=1
max_allowed_packet=268435456
open_files_limit=50000
local-infile=0

Şu şekilde düzenleyip service mysql restart komutu verebilirmisiniz.
Eğer aynı hatayı alıyorsanız df -h komutu ile harddisk doluluğunu kontrol edin bakalım sorununuzun çözülmesi lazım