SSH ile sunucuya bağlanıp, büyük boyuttaki dosyaları silmenizi tavsiye ederim. Bir nebze alan açılacaktır. Daha sonra df -h komutuyla açılan alana bakabilirsin. Biraz alan açıldığında mysql servisini yeniden başlatın. Daha sonra gereksiz gördüğünüz hesapları Whm üzerinden kaldırabilirsiniz.