Web Whatsapp üzerinden Javascript ile Chrome'a eklenti yazılıp, yapılabilir gibi ya da C# gibi executable bir programda WebClient üzerinden kontrol sağlanabilir gibi duruyor.
Altyapısı sağlam sistemden kastınız nedir? Sürekli numaralara mesaj atacaksa, Web üzerinden işleyeceği için sistem, telefonun kilidi sürekli açık olmalı ki, aradaki bağlantı kopup script durmasın.