Ben sizi anladım zaten soruya siz kendiniz cevap vermişsiniz. Ürün sizin elinize geçmediği için sizin kafanız karışıyor. Şimdi size detaylı anlatayım.

10 ürününüz var sitede diyelim 10x100 = 10000 tl
Hesabınıza toplan giren para 10000 tl

Ürünlerin satışı gerçekleştiğinde müşterilerinizin hesabına giden para 9000 tl %10 kesip devamını satıcıya aktardığınız için size geriye 1000 tl kalıyor.
Devlette vergisini bu 1000 tlden alıyor. Yani hiç sorun ve sıkıntısı yok basit bir konu yani. Devlet sadece bankada hesabınızda size kalan paradan vergi alıyor.

Yani satıcının vergi ödemesi gibi birşey sözkonusu değildir.