1: Full backup'a benziyor ftp ile aynı config bilgilerinemi sahipsin
2: Wordpress.org den indirip tema ve uploads klasörlerini alıp tekrar yükleme yapın shell vb önlem olarak bulamıyorsanız.
3: Uğraşamam diyorsan sunucu seninse find / -size +100kb tüm dosyaları bir incele ( https://www.cyberciti.biz/faq/find-large-files-linux/ )
4. Sunucunu değiştir daha fazla mantık yürütemiyorum uykusuzum aklıma ilk gelenleri yazdım