MongoDB ve Mysql birbirinden farklı dünyalar, hangisi diye bir soruya net cevap verebilmek için projeyi tam bilmek gerekiyor.

Mysql doğru kullanılırsa performanslı çalışır. Mesela verileri çok sık select edecekseniz yani verileri okuyacaksanız tablo motoru olarak myisam seçmeli, sürekli insert edip fazla okumayacaksanız innodb seçmelisiniz. Bu tür doğru kullanımları takip ederseniz mysql iyi çalışır. Mysql in avantajlarından biri tabloları birbiri ile ilişkilendirmeniz çok kolaydır. Foreign keylerle tabloları kolayca birbirine bağlarsınız. Viewler oluşturursunuz falan.
Ama mongoDB daha farklıdır. Mongo da herşey json olduğu için bir tablo ve kolon yapısı yoktur. Siz iki tabloyu birleştirmek yerine iki tablonun verilerini aynı koleksiyonda tutabilirsiniz. Verilerin birbirine karışması da imkansızdır çünkü ağaç yapısında kullanabilirsiniz koleksiyonu. Zaten mysql de iki tabloyu join edince aslında mantık olarak aynı işlemi yapmış oluyorsunuz. MongoDB okuma ve yazma hızlarında mysql i tabii ki bayağı geçer. Yani biraz projenizle alakalı bir durum.
Onlarca tablo varsa bunlar birbiri ile ilişkili ve bu ilişkiler birbirini tetikliyorsa mysql daha iyi bir seçenektir. Yok benim bir tablom var sürekli oraya yazacağım ve sonra okuyacağım diyorsanız mongodb daha iyi bir seçenek gibi görünüyor.
Tabii mongodb yi php yada asp ile kullanmak çok akıllıca olmaz. Nodejs doğuştan mongodb'lidir. Mongodb kullanacaksanız nodejs ile proje gelişirmeniz projenizi 3 adım öne taşır. Bir çok şey yazılabilir tabii ki ama siz projenizi iyi analiz edin.

İyi çalışmalar.