@fatihcray; kardeşim benim sitedede aynı sorun oluşmuştu.. kontollerim sonucu gördüm ki ;

style.css dosyası içindeki menu-main yazan yerei menu-main2 yapınca düzeldi.. birde navbar.php kısmında bulunan <ul id="menu-main2" class="nav"> kısmıda böyle yapacan.
yani kısacası menu-main ler menu-main2 yapınca düzeldi. bir yerde sonradan çakışma olmuş ama neyse kolay geksin.
#menu-main2 {
margin-top: 1.125em;
}
ul#menu-main2 > li > a {
font-weight: 600;
color: #fff;
font-size:14px;
text-transform:uppercase;
}
ul#menu-main2 > li > a:hover {
padding: 9px 15px;
border-radius: 3px;
-webkit-border-radius: 3px;
-moz-border-radius: 3px;
}
ul#menu-main2 > li > a:focus {
outline:0;
}