Hocam komut satırı yerine doğrudan programın içinden alsan daha iyi. Bende 3.6 var sen sanırım 2.7 sürümünü kullanıyorsun. Biraz farklı ama şöyle olmalı. Dosya adlarını vs. programın en başında alabilirsin.
tt_giris_dosya_adi = raw_input('tt listesinin dosyasının adini girin: ')
Bu senin girdiğin inputu tt_giris_dosya_adi değişkenine string olarak atayacak.
Buna normalde tt.txt veya veri.txt gibi bir dosya adı girmek gerekl. Kullanmak için
dosya = open(tt_giris_dosya_adi, 'r')
şeklinde kullanabilirsin.
Diğer dosyalar, çıkış dosyaları vs. hepsini programın en başında değişkenlere atayabilirsin. Tabi programın geri kısmında sabit dosya adı vs. değil de değişlenleri kullanmak gerekecek.
Edit: Pardon komut satırı deyince windows CMD anladım. CMD'den kullanırken 'python aa.txt, bb,txt' gibi varyasyonlar da var sanırım. Neyse siz normal Python penceresi komut satırı dediniz sanırım.