Merhabalar,
Servisleri bölmek fayda edecektir, remote mysql yaparak sqli ayırmanız da
fayda var.
Sqli bu kadar kullanan buglu bir eklenti olabilir, mysql sorgularını takip ederek bir analiz yapabilirsiniz, slow query log açıp loglatmanız da fayda var.
Ayrıca centos ssh üzerinden wget
https://raw.githubusercontent.com/ma.../mysqltuner.pl
./mysqltuner.pl tetikleyip önerileri yapabilirsiniz