Isı ile ilgili problem olduğunu zannetmiyorum. Karşınıza çıkan sonuçlarda spesifik olarak görünen şey şu ki Java ile çalıştırdığınız oyun ne ise Cacheleme yapmış olabilir. Bu sebeple oyun yeni açıldığında java düşük kullanım yapıyor gibi görünüp, cacheleme yaptıkca CPU değerini yükseltiyor olabilir. Buna benzer olarak windows üzerinde java kullanan PRTG gibi yazılımların uzun süre açık kalması sebebiyle aynı sorunlarla karşılaşıldığı çokca görülebilen bir durum. Üzerinde çalışan oyunu restart'lamanızda fayda var. Bunu zaten denediyseniz oyuna giren bağlantıları incelemek veya java'yı baştan kurmak gibi yöntemlerle ilerlemek daha doğru olabilir.

Layer 7 mantığında nasıl ki mysql sorgularıyla CPU şişiyor, bunda da oyuna yaptırılan sorgularla java şişirilebilir mi gibi bir senaryoya bile yönelmek gerekebilir.

Ayrıca sunucuda anladığım kadarıyla minecraft çalıştırıyorsunuz. Benzer yabancı forumlarda okuduğum kadarıyla java güncellemesi ile ilgili çözüm olduğunu söyleyenler mevcut. Ayrıca 2 adet mesajda da sistem saatinin güncel olmadığını ve zamanı güncelledikten sonra sorunun çözüldüğünü ve çok şaşırdıklarını yazmışlar. Dilerseniz siz de bir deneyin.