Id zaten tektir, birden fazla id üzerinde yapmak için id'leri bir dizi içerisine ekleyip yapılabilir.

(function() {
   document.addEventListener(
      "DOMContentLoaded",
      function() {
         var dizi=["Referance","id2","id3"];//id ler buraya
         var t = "ref";
         
         for(var j=0;j<dizi.length;j++){ 
            var n = document.getElementById(dizi[j]);
            if (n.getAttribute("href").indexOf("refurl") < 0) {
               var i = n;
               i.href = i.href +(i.href.indexOf("?") === -1 ? "?" : "&") + t +"=example.com";
            }
         }
      },
      false
   );
})();