Bu konuda nasıl implement ettiğiniz önemli.

Splash ekran açılır
Bu sırada reklam yüklenir, splash kapanmaz
MainActivity açılmadan önce reklam gösterilir
Reklam kapatılınca MainActivity intent'i başlatılır.

Bu şekilde yapılırsa hiçbir problem yaşanmaz. Yaşamadım da. Ancak splash kapanıp, MainActivity açıldığı anda reklam çıkıyorsa problem oluşturur. Bunun için de listener'ları kullanmak lazım tabi ki.