Merhabalar,

Eski uzantınızdan yeni uzantınıza 301 dediğimiz yönlendirmeyi yapmanız gerekirdi, google 301 mantığını önemsemektedir.

Botlar sitenize erişmeye çalıştığında erişememiş ve indexlerinizi silmiştir. Aynı indexlerin tekrar yerine gelmesi uzun sürebilmekte bu sebeple, taşıma yaptığınız dizin içerisine

.htaccess dosyası oluşturunuz ve
###########################################
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine on
ReWriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?siteadi.com/dizinadi$ [NC]
ReWriteRule ^(.*)$ http://www.siteadi.com/$1 [R=301,L]
################ Kırmızı ile işaretli bölümü sadece #####

kodlarını ekleyip kaydediniz, google o dizini tekrar kontrol etmeye çalıştığında 301 yönlendirmesi ile eski indexlerinizin yerine gelmesini daha çabuk sağlayacaktır.

Bilgilerinize.