Php.ini dosyasında max_input_vars değerini yükseltmeniz gerekiyor. Php.ini ye erişiminiz yoksa htacsess den de yapabilirsiniz. Bunu deneyin muhtemelen sorun çözülür. Php 5.9 da varsayılan değeri 1000 ama eski sürümlerde nasıl tam bilmiyorum.

Post_max_size değeri input sayısını değil de post edilen verinin mb olarak büyüklüğünü etkiler mesela tek seferde 1 mb post edilsin gibi. Bu da dosya gönderirken falan işe yarar. Ama checkbox lar falan ancak birkaç kb büyüklüğünde olabilir zaten.