borayeris doğru söylemiş.

Eğer B sitesinin linkleri A sitesi ile aynı olsaydı, bir kaç satırlık htaccess kodu ile sorunu çözebilirdin. Fakat B sitenin link yapısı, A sitesinden farklı olduğu için A sitesindeki tüm linkleri çıkartacaksınız, hepsini B sitesindeki linklere 301 çekeceksin.

Olası sonuçlar:
Linkleri teker teker yönlendirmez isen sıralama kaybı yaşarsın,
A sitesindeki iç linkleme ile B sitesindeki iç linkleme aynı değilse sıralama kaybı yaşarsın,
B sitesinde, A sitesindeki gibi H1 etiketi ve başlıklar birebir aynı değilse sıralama kaybı yaşarsın,
301 çekeceğin yeni link yapısı da doğru değil, sıralama kaybı yaşanması olası.

Açıkçası şuan baya tehlikeli bir şey yapıyorsunuz, uyarmak isterim. Büyük ihtimal sıralama kayıpları yaşayabilirsin.