$sub = array(); //subu döngü disinda tanimladik, eger $alt_moduller bos gelse bile döngüden sonraki satirda el ile tutulacak bir degiskenimiz var.
foreach($alt_moduller as $alt_modul){
	
$sub[] = array($alt_modul->modul_link => array(
			"icon" => "fa-".$alt_modul->modul_ikon,
			"title" => $alt_modul->modul_adi,
			"url" => APP_URL."/".$alt_modul->modul_link
		));


		
}
var_dump($sub);

Tam olarak bunu kopyala yapistir yaparmisin. Eger bu kod her seferinde yeniden cagirilan bir fonksiyon icerisinde degil ise alt_moduller dizisinde ki bütün elemanlarin sub da olmasi gerekiyor.