Mod rewrite'ın deaktif olma olasılığı var yada başka bir sıkıntı olabilir, daha detaylı olarak incelenmesi lazım, böyle direk olarak yorum yapmak mantıklı değil, incelenmesi lazım.
<?php
phpinfo();
phpinfo(INFO_MODULES);
?>
Loaded Modules Mod_Rewrite aktif görünüyor.