A boşsa ve B değilse B'yi kaydet
A doluysa ve B boşsa A'yı kaydet
B doluysa B ve A'yı güncelle

B üzerinden tekrar devam..

Neden böyle kurduğunuzu bilemem ama
ben olsam şöyle yapardım

A doluysa kaydet.
B doluysa kaydet.

oda
if(!empty($_FILES["A"])) { update .... }
if(!empty($_FILES["B"])) { update .... }

gözden kaçırdığım bişey varsa kusura bakmayın.