iptables --list çekermisiniz lütfen ? kayıtları bir görelim.
Anladığım kadarı ile iptables start/stop'da bir sıkıntı yok ?

Bir iptables kurulı ekliyorsunuz ancak önceki iptables kuralınıda silmeyi denermisiniz.
Örneğin,
Portu açmak için kullanılan iptables kuralını girerken. kapatmak için kullanılan ip tables kuralını silmelisin.
iptables -D INPUT -p tcp –dport portnumber -j REJECT

Dener misin ?