WHMCS Cron dizinini daha önceden değiştirdiyseniz update sırasında tekrar Cron dizini eski dizini olan /cron dizinine geçmiş olabilir. Böyle birşey yaptıysanız güncelleme notlarında Cron dizini değişikse tekrar eski yerine almanız ve öyle update yapmanız gerektiği yazmaktadır.

Böyle bir dizin değişikliği yaptıysanız /cron içinde bulunan güncel sürüm configlerini değiştirdiğiniz dizine kopyalamanız durumunda sorun çözülür diye tahmin ediyorum.