.htaccess üzerinden 301 yaparsan düzelir.

Bunu yapmadan önce sitende sitemap, feed, rss varsa içindeki linklerin doğru olup olmadığını kontrol etmelisin.

Google webmaster tools'a harita eklediysen burdanda bakmalısın.

Siten indexlendikten sonra canonical tagı kullanman pek birşey ifade etmiyor. Google, sürekli kontrol edip canonical tagına göre işlem yapmıyor. Robots.txt yi bile tamamen aktif etmesi en az 20 gün sürüyor. Çünkü çok fazla datacenter da parça parça verileriniz yer alıyor.