Allah yardımcınız olsun arkadaşlar, işiniz çok zor.
Arkadaşın birinin dediği gibi indexlerin kalkmasını beklemeniz gerekiyor. Komple silsende o dizinden kalkmadıkça sorun devam edecek.
Silinen eski url leleri dizinden kaldırın ve sonra 404 hatalarını düzeltin, sonra robots ile o linkleri diaewov edin. Değerlendirme talep etmeden önce google aramalarına bakın o sayfalar çıkmış mı ?